常熟市佛教协会历史悠久，于1933年由僧俗大众在虞山镇慧日寺组织筹备，1935年改组成立，时称常熟县佛教会，至抗日战争爆发时解散。1945年组织成立中国佛教整理委员会江苏公会常熟支会，解放前夕，僧众四散，会务中辍。1982年12月16日，常熟县第二次佛教代表会议召开，正式成立常熟县佛教协会，玅生老和尚当选为会长。几十年间，领导常熟佛教界协助政府落实宗教信仰自由政策、修复寺庙，培养僧才，常熟佛教得以复兴。2007年3月28日，慧云大和尚在第四次佛教代表会议上当选为新一任会长，全面推动常熟佛教事业迈上一个新的台阶。目前，全市现有登记备案的佛教活动场所32处，常住僧众92名。
近些年，常熟市佛教协会在市委市政府的统一领导下，在市委统战部、市民宗局的正确指导下，在以慧云大和尚为会长的佛协领导班子的带领下，高举爱国爱教旗帜，贯彻落实宗教政策法规，不断提升僧众思想政治觉悟；恢复法界学院，举办僧众培训班，推动我市僧才队伍建设；成立佛教文创中心，举办各种学术论坛，出版佛教各类书刊，挖掘和弘扬本土佛教文化；成立兴福公益基金会，组建兴福义工团，积极参与社会慈善公益事业；大力开展对外友好交流，提高常熟佛教对外影响力。