藏海寺位于虞山南崖拂水岩上，下瞰剑门，崖壁峭立，旁临石洞，云气霏霏。此寺宋代名“觉海庵”，明洪武四年(1371)，僧道原重建，改称拂水东庵。嘉靖至万历间，僧等慈来此梵修，未几又废。崇祯十年(1637)，僧涤尘、道梅从九华山卓锡驻此，募建地藏殿、观音殿,又建药师殿，未竟。清顺治初道梅在山前烧香浜购置下院，为接待之所。志载:“藏海禅院旧称拂水东庵，虽原始于宋而实创自明，洪武开山，崇祯再造，逮于玉琳国师来虞，因大慈老人之建塔迄，洪济法嗣为主庵，会上诏之叠颁，荷天恩之特敕，遂乃改庵为寺，赉赐今名，宗风大振，为三吴朝拱之地。”
玉琳，顺洽帝师，志载:“顺治十六年，僧玉琳奉敕还山，赐金葬母，有自撰筑塔记。吏部尚书金之俊题碣曰:“报恩草堂大慈老人墓”。已亥三月，玉琳人京觐见，应对契上旨，供养万善殿中，时问法要，启奏别录，敕封为大觉禅师，加封为大觉普济禅师。师为葬母故，力请南归，特赐帑金，资营葬。是冬，遍择胜地，来游虞山，乐拂水岩山水清净，因卜藏海禅院之后建塔，而是院遂开法接众，屹成丛林席矣。”玉琳筑其母大慈老人塔于院后，命弟子德岩、洪济相续主持院务。康熙间，洪济续建药师殿、祖堂、丈室、客寮等。雍正间，住持折庵再于西门内水关桥购置新下院。后历任住持均有建树。乾隆四十年(1775)，住持净明募陈士煌捐建大悲殿。咸丰十年（1860）除药师殿外，其余殿堂寮房均毁。同治六年(1867)，住持福清重修大悲殿，重建祖堂、客寮。光绪二十五年(1899)，住持澈尘重建丈室，增建藏经楼，民国七年(1918)，与监院戒非辑印《虞山藏海寺志》。民国二十三年(1934)部份殿堂毁于香火，经住持戒非竭力募修，渐复旧观。建国后列为保留寺院，还举行过莲忍方丈升座仪式，上世纪50年代末逐渐颓败，至60年代夷为平地。
藏海寺周围主要有以下诸胜：
拂水岩，在虞山南崖，《龚志》云:“拂水岩者,两崖峭立，悬瀑下垂，为西南风捲而倒飞，微如坠珠，盛如掀练，宇內奇观也。”历代名流题咏甚多,明沈周诗云:“绝壁云扶将堕石，豁崖风勒下奔泉。”明王世贞诗云:“风岩昼激诸天雨，阴壑寒生万树涛。”清宗延辅诗云:“贪看拂水小流连，望里飞凫比画船，不怕霸王鞭路险，却从后山绕山前。”
剑门，《邓志》云:“剑门石在拂水岩之东，两崖中豁如剑劈，旧称剑门石”。剑门摩崖石刻有五:
一、「剑门」，嘉靖丙申题。
二、「烟岚高旷」，康熙御书。
三、「果然」，款署就泐。
四、「仰止」，款署雪鸿。
五、「观止」，款署范小谷。
旧有「题名石」，清道光时两江总督陶澍，江苏巡抚林则徐等因治白茆浏河曾同登此山。又有「去思石」，署万历甲辰,为县令谭昌言立。
剑阁，明御史钱籍建，位于剑门之巅，栋宇翼如，有两柱联，一曰:“无边风月供嘲弄，有主江山属剪裁”。一曰:“绝壁剑开，伊阙羊肠应让险；重湖镜列，洞庭彭蠡合争奇。”游人过之咸叹赏之，后籍以事败，阁亦久圯，今已重建。
三沓石，《桑志》云:在拂水南崖，危然卓立，其最上者，长可丈余，阔六七尺，厚二三尺，中一石端方如几，最下一石，仅如河斛，三石三沓，欲坠不坠，其下可通往来。一作三叠石。
长寿桥，在拂水两岩间，石梁横跨其上。今重整修。
漱玉亭，《姚志》云:在拂水岩，邑令赵国琦建，与常雨亭两崖相对，中有小桥相通，今移建于藏海寺之东园。